Tybetański rząd emigracyjny
Marpa przeniósł te nauki do Tybetu i przekazał je swemu najsłynniejszemu uczniowi, Milarepie (1040-1123), największemu tantrycznemu joginowi Tybetu, który osiągnął ostateczny cel, oświecenie, w ciągu jednego żywota. Marpa powierzył Milarepie linię medytacji, a przekazy nauk uczniom takim, jak Ngog Czoku Dordże, Curton Łangje i Meton Czenpo. Od tego czasu w klasztorach Kagju praktykowano system ćwiczeń filozoficznych (bShad-grva) i medytacyjnych (sGub-grva). Najważniejszymi uczniami Milarepy byli Gampopa (1084-1161), znany także jako Dagpo Lhadzie, oraz Reczungpa (1084-1161). Pierwszy otrzymał przekaz nauk i praktyk “wielkiej pieczęci” (mahamudra) oraz sześciu jog Naropy i połączył je w jedną linię – dakpo kagju, będącą źródłem tradycji kagju. Gampopa, jako pierwszy, połączył też nauki mahamudry Milarepy ze stopniową ścieżką szkoły kadampa. Jego Klejnotowa ozdoba wyzwolenia jest jednym z najważniejszych traktatów stopniowej ścieżki. I Panczenlama Lobsang Czokji Gjalcen (1570-1662) włączył linię mahamudry szkoły kagju do tradycji gelug, tworząc linię ganden-kagju.
Z dakpo kagju wyłoniły się cztery główne szkoły, założone przez najwybitniejszych uczniów Gampopy. Żang Judakpa Congdu Dakpa (1123-1193) dał początek szkole celpa (Tshal-pa) kagju. Jego główny uczeń Łangom Cultrim Ningpo założył klasztor Gungthang i miał wielu wybitnych uczniów. Barom Darma Łangczuk zbudował klasztor Barom, od którego wzięła nazwę jego szkoła, barom (‘Ba-rom) kagju. Od słynnego mistrza mahamudry Phagmo Trupy Dordże Gjalpo (1110-1170) wywodzi się szkoła phagtru (‘Phag-gru) kagju. Jego uczniowie, tacy jak Taglung Thangpa, Kalden Jesze, Ling Repa Pema Dordże, Dzigten Gonpo i Kher Gompa, osiągnęli wysoki poziom duchowego urzeczywistnienia i założyli wiele własnych “podszkół”. Phagmo Trupa zbudował klasztor w Phagmo, przemianowany później na Sensa Thil.
I Karmapa, Dysum Khjenpa (1110-1193) założył szkołę kamcang, znaną również jako karma kagju. Tradycja ta zawdzięcza siłę i sukces nieprzerwanej linii inkarnacji swego założyciela. Największą sławę zdobyli II Karmapa, Karma Pakszi (1206-1282), III, Rangdziung Dordże (1284-1339) i VIII, Mikjo Dordże (1507-1554). XVI Karmapa Rangdziung Rigpe Dordże (1924-81) został wybrany (na wychodźstwie) głową całej tradycji kagju. Główną siedzibą szkoły był klasztor Curphu (centralny Tybet); na wychodźstwie rolę tę pełni uniwersytet klasztorny w Rumteku (Sikkim). Po śmierci XVI Karmapy rolę regentów pełniło czterech najwyższych lamów tej tradycji: Szamar Rinpocze, Situ Rinpocze, Gjalcab Rinpocze i Dziamgon Kongtrul Rinpocze.
Z phagtru kagju wyłoniło się osiem podszkół. Na czele drikung (‘Brigung) kagju – której założycielem jest Drikung Kjopa Dzigten Gonpo (1143-1217) – stoi obecnie Drikung Kjabgon Cze-Cang (ur. 1946). Jest 37. głową tej linii, mieszka w Ladakhu. Taglung (sTag-lung) kagju powołał Taglung Thangpa Taszi Pel (1142-1210). Głową szkoły jest mieszkający w Sikkimie Szabdrung Rinpocze. Na czele założonej przez Czodzie Gjari Jesze Dordże, znanego także jako Ling Repa (1128-1189), drukpa (‘Brug pa) kagju stoi obecnie XII Drukczen Rinpocze, który odtworzył swój klasztor w Dardżylingu.
Do dziś przetrwały tylko te trzy tradycje (największą z nich jest drukpa). Pozostałe – trophu (Khrophu), założona przez Rinpocze Gjalcę, bratanka Phagmo Trupy, który zbudował klasztor Trophu; marcang (sMar-tsang), utworzona przez Marpę Rinczena Lodro; jelpa (Yel-pa) Jelpy Jesze Ceg; szungseb (Shugs-gseb) Czokji Senge; i jamzang (gYa’abzang) kagju Jeszego Senge – przestały niestety istnieć jako odrębne instytucje, niemniej lamowie innych linii kagju do dziś przekazują pewne doktryny owych szkół.
Tradycję szangpa kagju, jedną z dwóch pierwotnych linii kagju, założył wielki Khjungpo Naldzior (918-1079). W Tybecie studiował bon i dzogczen, następnie wyruszył do Nepalu, gdzie spotkał aczarię Sumati. Został tłumaczem i powędrował do Indii. Studiował pod kierunkiem stu pięćdziesięciu nauczycieli. Został mistrzem doktryn ezoterycznych i egzoterycznych oraz medytacji. Jego najważniejszymi nauczycielami byli Sukhasiddha, Rahulagupta i Niguma, partnerka Naropy. Wiele przekazów otrzymał bezpośrednio od dakiń. Po powrocie do Tybetu przyjął ślubowania od mistrza szkoły kadampa, Langri Thangpy.
Zgodnie z przepowiedniami dakiń, założył klasztor Szang-szong w Jeru Szang w środkowym Tybecie, od którego wzięła nazwę ta tradycja kagju, oraz wiele innych świątyń. W dawnym Tybecie szkoła ta miała ponad sto klasztorów. Najsłynniejszymi uczniami Khjungpo Naldziora byli Mehu Tonpa, Mogczogpa i Szang Gomczo Senge. Jeden z mistrzów tej szkoły, Buton Rinczen Drup, przekazał Congkhapie linię guhjasamadza tantry Curtona Łangi Dordże.
Główne praktyki szangpa kagju to tantry mahakali, czakrasamwary, hewadżry, guhjasamadzy i mahamai, mahamudra oraz sześć doktryn Nigumy. Najważniejszym współczesnym przedstawicielem tej tradycji był Kalu Rinpocze (1905-1989), jeden z najwybitniejszym mistrzów kagju w tym stuleciu. Doktryna wszystkich szkół tradycji kagju opiera się na mahamudrze i sześciu jogach Naropy. Różnice zasadzają się jedynie na rozkładzie akcentów.
Mahamudrę, serce nauk kagju, przedstawia się zgodnie z tradycją sutr i tantr. Oba aspekty tych nauk służą bezpośredniemu zrozumieniu natury umysłu. Choć poszczególne szkoły inaczej rozkładają akcenty, z reguły nauczają mahamudry w kategoriach podstawy, ścieżki i owocu. Najważniejsze praktyki tantryczne tej tradycji to sześć jog Naropy, Czakrasamwara i Mahakala.
W klasztorach szkoły kagju studiuje się Doskonałość Mądrości, madhjamikę, dyscyplinę i fenomenologię, wspólne wszystkim tradycjom buddyzmu tybetańskiego.
Na czele szkoły Kagju stoi obecnie Jego
Świątobliwość XVII Karmapa, Ugjen Drodul Trinlej Dordże (ur. 1985).